Bah, de souvenirs on fait comme ça:
MKV->Piste video H264 + Piste audio AC3 via MKVExtract. Si problème, VirtualDubMod peut aussi le faire. Plus proprement parfois.
Puis on passe par "AVC2Avi" pour obtenir un *avi avec piste vidéo H264. Enfin on ajoute l'*ac3 via VirtualDubMod.
Pour les chapitres dans l'*avi oui, mais lisible avec BSPlayer only.