ffmpeg -i fichier.dts -vn -acodec ac3 -ac 6 -ab 640k -ar 48000 fichier.ac3 le fait aussi (faut d'abord démuxer avec mkvextract tracks fichier.mkv numéro_de_la_piste:fichier.dts). Y a des moyens tout simples tu vois
(tu pourras ensuite remettre le son avec mkvmerge)