Pour fusionner les fichiers de sous-titres et/ou les resynchroniser par rapport au film-->Subtitle Workshop
Une fois le fichier prêt tu peux faire comme the jack t'as dit(*mkv,ou *ogm).Sinon tu peux utiliser SubMux qui incorpore les sous-titres à ta vidéo sans réencodage.
Enfin si tu tiens à réencoder ton film avec les sous titres incrustés,il y a plusieurs solutions:VirtualDub+Avisynth ou Virtual Dub+Filtre Subtitler.