bon finalement je me suis renseigné un peu et c'est vraiment tout con de passer en ahci
tout vient du fait que le southbridge qui gère les ports sata de la cm et le contrôleur gigabyte qui gère les ports gsatas ne travaillent pas du tout de la même façon (en tout cas en croire un dessin bizzare dans le manuel de ma carte mère) ...
et donc il m'a suffit de configurer les ports gsata indépendamment du southbridge, puis les passer en ahci pour booter sur mon dd sans réinstallation de pilote ou d'os ...
si des personnes sont intéresses je peux vous faire un tuto avec les explications ou un bench pour voir si ce mode apporte de réels gains ...