la taille des clusters est légerement plus petites en NTFS qu'en FAT32 (en encore plus qu'en FAT16)
donc on a légerement plus de place.
De plus, l'accès aux fichiers se fait différement, c'est pourquoi les OS qui ne gère que le FAT ne sont pas compatibles avec le NTFS.
Le NTFS a aussi une "fonction" de sécurtié
ça permet de gérer les multi-compte sous XP par exemple.
Concernant Partition magic, je le déconseille fortement
surtout la dernière version, qui m'a fait foirer plusieurs fois mes partitions