Le jeu se déroulera principalement dans un parc d'attraction thématique dans lequel notre héros Joe et sa jeune sœur Jasmine devront enquêter sur un groupe mystérieux qui a dérobé la bande du film de Captain Blue. Le titre proposera cette fois un nouveau système de 'splint' qui consiste à couper l'écran tactile en deux horizontalement à l’aide du stylet, le joueur pourra ainsi faire défiler la partie du haut de droite à gauche ou dans le sens inverse afin de trouver et d'activer toutes sortes de mécanismes, si Joe rencontre un obstacle sur sa route comme par exemple un incendie, le joueur devra faire défiler la partie du haut pour trouver une source d’eau permettant d’éteindre le feu situé dans la partie inférieure. Outre le concept Split, Scratch! Viewtiful Joe proposera également un système de Slide et Touch, trois fonctionnalités utilisant les propriétés tactiles de la Nintendo DS. A noter que le jeu devrait se jouer à 1 uniquement.