Hop un petit lien avant toute chose :
http://www.gameboy-advance.net/gba-flash/gbm-micro.htm
Pour les différences entre le M3 SD et M3 Mini (SD), la différence vient du fait que l'un utilise des cartes SD, et l'autre des cartes Mini SD. Sachant que par conséquent, le modèle SD est plus important, il dépasse la taille d'une cartouche GBA, et est donc peu adapté vu qu'il dépasse alors de la micro. Si tu penches côté M3, il faut le modèle Mini SD.
Concernant les linkers adaptés pour GB Micro, je sais que le G6 est adapté et rentre dans tous les critères que tu demandes :
- ne dépasse pas car fournie avec une coque de la taille d'une cartouche GBA
- le firmware intègre un émulateur NES
- lecture des MP3
- et backups, aucun problème
Le M3 étant de la même team, les logiciels étants similaires, normallement ça devrait être la même chose.