J'avais ce problème, que je viens de résoudre il y a quelques minutes. C'est pas bien difficile. Premièrement, assure-toi que ton M3 est à jour. Pour cela, met ta carte mémoire dans ton lecteur sur le PC, et rends-toi ici
http://www.ndscard.com/download/English%20V22b.rar. Fou le fichier sur ta carte, à la racine, c'est-à-dire dans AUCUN dossier. Met le tout dans ton M3, allume la console, la mise à jour se fait. Ensuite, remet ta carte mémoire dans ton PC, et supprime le fichier que tu viens de déposer, sinon la console te redemandera une mise à jour, inutile puisque tu viens de la faire.
En gros, ouvre M3 Manager. Premièrement choisis ton type de carte, CF ou SD. Dans le champs "Set NDS source directory", indique le chemin de ta carte mémoire. Suite à ça, clique sur WRITE NDS, va jusqu'à ta rom, et ensuite fais "ouvrir". Ton fichier .dat, en plus du fichier .nds devraient se créer, et tu n'auras plus ce message à l'allumage de ta console.