dejà pour encoder en 2 pass va voir mon tuto, tu devrais trouver ton bonheur.
Pour le décallage du son, si c'est régulier tout au long de la video, c'est plutot simple, il suffit de connaitre le temps véritable du décallage ou de faire des tests.
Donc explication avec virtual dub (pas mod attention) : T'ouvres ta video, puis Audio --> interleaving. Dans la nouvelle fenêtre tu mets le temps de décalage en ms dans Delay audio track by (tu rajoutes un - devant la valeur si le son est en avance). Puis tu selectionnes Direct stream copy dans Video et pour finir File --> Save as avi