3 choses!
Quelle est la marque de ta CF?
Tu as bien flashé la supercard avec le firmware pour CF (une erreur de ce type est vite arrivée), idem est-ce que le supercard software que tu utilises et bien pour la version CF et non SD!

Sinon, si tu as une GBA sous la main essaye avec.

Si tu es ok c'est surement ta CF qui deconne, mais c'est à voir!