Aucun problème de compatibilité, rien à changer, aucun risque. Le HDAdvance 3.0 n'est lui-même qu'une version de HDLoader, nous sommes entre cousins.

Et de toute façon, vous avez bien le droit de ne pas revendre votre HDLoader/Advance, et de garder la possibilité de vous en servir comme avant, en mettant son CD au lieu du CD PS1.