Mario et Luigi sont cette fois ci contraints de revenir dans le passsé. Là, ils y découvriront Baby Mario et Baby Luig avec qui ils devront coopérer. Grace aux 2 banbins, controlables avec les boutons X et Y, nous aurons le droit à des énigmes encore plus tordues. Le double écran permettra de garder un oeil sur les 2 groupes si ces derniers sont séparés. Les phases de combat ont peu changer depuis le 1er opus, et l'écran du haut permettra d'avoir des ennemies positionnés à diffèrentes altitudes, mais aussi des boss 2 fois plus grands. Sortie prévue pour la fin de l'année au Japon.