Converti plutot le son original de ta vidéo, pas le .mpa.
Moi ce que je fais, de ma vidéo d'origine j'extrait la piste en .wav, ensuite je charge le .wav dans besweet, je converti avec le framerate audio voulu comme format de destination toujours en .wav. Puis ensuite j'encode avec CCE juste le son et ça me donne le .mpa
Pour les fichiers sous titres je ne crois pas qu'il y'aura un souci. Enfin moi j'ai pas de souci lorsque que je fais mes animes, , sur un film la durée est plus courte quand on converti en 25 fps donc je pense oui qu'il ya une probabilité de décalage dans les sous titres, je sais qu'avaec virtual dub via le filtre "textsub" (que l'on installe lors de l'installation de vobsub) on peut choisir le framerate des sous titres, via un script avisynth j'ai jamais testé
Sinon converti en .ssa tu auras beaucoup + de possibilités pour les sous titres