Tu sais, je te conseilles de laisser tomber FlaskMpeg et de passer à Xmpeg 5.02. Il était très buggué. Il faut éviter d'utiliser le mode Dual Pass sous peine qu'il fasse 2 fois la même passe.
Fait chaque passe l'une après l'autre.
Autre chose, vérifie bien la config au niveau des codecs (mêmes fichiers mv et log)
Voila. Bonne chance ! (je suis passé aussi par là
.