salut,
le meilleur choix dépend directement de tes attentes.
il n'y a donc pas UNE réponse universelle
ce qui est sûr, c'est qu'il n'y a plus aucune raison d'utiliser du WBFS à l'heure d'aujourd'hui.
pour ma part, l'idéal reste cette configuration (ça vaut ce que ça vaut, mais pour moi, c'est le mieux) :
partition #1 (10 à 20Go)(*), FAT32, marquée active > pour les homebrews (émulateurs, roms, nand virtualisée)
partition #2 (le reste du HDD), NTFS > pour les jeux convertis au format .wbfs
(*) l'arrivée prochaine de Dios Mios et Devolution devrait aussi changer un peu la donne. Ils ne pourront à priori gérer que le FAT32, donc ceux qui souhaitent pouvoir jouer aux jeux Gamecube depuis un loader USB devront revoir un peu à la hausse la taille de la partition FAT32
dddrr a bien résumé les avantages/inconvénients FAT vs NTFS. Combiner les deux permet de cumuler tous les avantages.
n'oublie pas aussi que le WBFS ne peut être défragmenté ni vérifié au niveau du système de fichiers (scandisk). Alors oui, le WBFS est une sorte d'EXT2/3 censé ne pas fragmenter, mais quand tu fais des opérations d'ajout/suppression sur un disque, même le système de fichiers le plus blindé au monde est obligé de fragmenter à un moment ou un autre)
en NTFS/FAT32, tu es maître de ton disque et des données qui y sont stockées, sans pour autant dépendre de logiciels plus ou moins au point comme nécessaire pour le WBFS