La différence est dans les composants.
La DSTwo possède un processeur de 400Mhz et 32Mo de mémoire ce qui lui permet de faire fonctionner les jeux GBA même sur une DSi pourtant dépourvue de port slot2.
La gamme des DSOne/i et DSTwo est ce qui se fait de mieux en tant que compatibilité native avec les jeux même les plus récents.
Les deux possèdes tout ce qu'il faut pour ne quasi jamais avoir à attendre une mise à jour pour profiter des jeux même à leur sorties (la panoplie complète, mode clean, moteur anti-piracy et tuti quanti).
Pour le choix entre les deux c'est en fonction de ta DS, si tu as une DSi et que tu veux pouvoir jouer aux jeux GBA ou que tu as une DS/DSLite mais que tu n'as pas envie en plus d'investir dans un linker slot2 ou un expansion pack pour profiter des jeux GBA alors DSTwo obligée.
Quoi qu'il en soit que tu optes pour la DSTwo ou la DSOnei tu verras qu'ils sont extrêmement simple d'utilisation (contrairement à ce que raconte un hurluberlu sur ce forum ^^), extrêmement rapides et qu'ils possèdent toutes les fonctions les plus intéressantes :
sauvegarde en temps réel
guide en temps réel
triches en temps réel
multi-sauvegarde
redémarrage logiciel (soft reset...)
et bien d'autres choses encore, le tout accessible pendant que tu joues.
Si tu veux en savoir plus sur la DSTwo, va lire cet article (pas encore fini, j'ai pas eu le temps ^^ mais comportant déjà beaucoup d'informations) :
Test complet de la DSTwo