Par contre, dès que vous entrez dans un dongeon (ou même un mini-dongeon comme la caverne de glace), préparez-vous à des surprises! Bien que l'architecture des temples est identique à celle du jeu original, tous les objects, switches, clés et torches seront placés à des endroits totalement différents!
Par exemple, la caverne Dodongo a toujours sa salle principale avec la grande tête de Dodongo. Mais cette fois les portes l'entourant sont closes, et le second étage est disponible presque dès le début. Yep, vous allez vous faire le dongeon à l'envers! Les nouveaux positionnements d'énigmes vous donneront du fil à retordre, car c'est souvent bien plus vicieux que dans le jeu original.
Ces parties sont souvent plus difficiles que dans le jeu original; avec plus d'ennemis et d'énigmes méchantes. Néanmoins, la qualité de ces "remix" varie selon les dongeons. L'arbre Mojo est super brutal dès le début, alors que l'estomac de jabu jabu m'a semblé plus simple que sur 64. Le temple de la forêt, lui, a pas tellement changé, en fait.