En fait c'est pas si étonnant que ça car la sauvegarde de ton jeu GBA est écrite dans un composant dédié sur le linker. Quand tu joues et sauvegardes c'est cette mémoire qui est MAJ. Pour pouvoir récupérer le contenue de cette mémoire sur la miniSD il faut obligatoirement le faire au démarrage de ton linker.
Moralité, après avoir joué, le mieux est de re-démarrer une fois de plus afin d'avoir la sauvegarde sur la miniSD.
A noter que cette mémoire SRAM peut garder ses datas grâce a une pile bouton.
Je n'ai pas ce linker mais je connais un peu son hardware car il ressemble beaucoup a mon EZ 3IN1 que j'utilise avec mon EZV.