Je vois aucun problème de coexsitance avec moonshell 2, moonlight a bien pris le soin d'appeler son répertoire /moonshl2 donc aucun problème d'écrasement de données avec les kernel de l'ez5.
Moonshell 2 est un homebrew et comme tout homebrew il se lance par son fichier NDS. Donc une fois l'ez5 démarré tu lances moonshl2.nds et c'est tout.