J'ai trouvé la réponse
Pour ceux que ça intéresse, il existe une version de flash me spécialement fait pour ce problème. Il force l'autoboot sur le linker slot 1 quand l'option est activé dans le menu de la ds même si le linker n'est pas autoboot (acekard par exemple)
Si quelqu'un à la réponse à la question bonus il est toujours le bienvenue
