Si tu n'utilise que la homebrew channel et que pour lancer des homebrew genre jeux/multimedia et pas de soft genre AnyTitleDeleter, pourquoi pas, mais je te déconseille quand même de la faire.
Tu peut par contre passer par le "Wii Shop and IOS51 installer" pour installer le nouvel IOS et la mise a jour de la boutique sans que cela patch tous les autres IOS (mais la console n'est pas toutefois considéré comme étant a jour par le système) :
Wii Shop and IOS51 installer - WiiBrew
Pour la 2eme question, je pense que tu peut utiliser ton wad, l'installeur doit fait du patch a la volé (mais a confirmer, je suis pas sur)