J'ai posté sur gbatemp.net histoire de voir et quelqu'un m'a proposé une solution (pour patcher les jeux wiiware afin qu'ils fonctionnent tous peu importe le firmware) et ça a fonctionné pour les deux jeux qui ne voulaient pas fonctionner avant, donc je vous mets le lien, si ça peut aider d'autres personnes qui auraient le même problème que moi un de ces quatre :
Offline system updates - GBAtemp.net
Comme ça, plus de problèmes, je peux rester en 3.1E et profiter quand même de certains wiiware (les jeux sur DVD qui demandent une update l'inclue toujours de toute façon, donc de ce côté là ce n'est pas un problème)