Tu conserves une version de tes retouches au format png pour conserver tes différents calques, quelle drôle d'idée.
Pourquoi n'utilises-tu pas le format Photoshop, le psd ?
Ce format, te permet de décomposer tous tes calques : graphiques, fond, textes, etc etc...
Par exemple, je conserve soigneusement chaque retouche dans son format psd original pour sauvegarder en offline la meilleure version possible, et aussi, si je dois revenir sur la retouche pour l'améliorer encore un peu plus tard c'est plus pratique.
Si ça t'intéresse voici l'exemple concret avec Zelda 2 :
Free - ZeldaII-Face.psd